ООО «РПН» существует с 2002 года, но свою деятельность предприятие начало в далеком 1965 году.

Тогда в поселке Нефтеюганск образовалась пристань «Нефтеюганск», как структурное подразделение ОАО «Сургутский речной порт». Численность работников пристани на тот момент составляла всего 26 человек, основная задача которых состояла в оперативном руководстве при осуществлении доставки нефти на «Омский нефтеперерабатывающий завод». Помимо этого, осуществлялась доставка и выгрузка первых строительных материалов, а также продуктов питания и товаров для населения поселка.
В 1969 году, на базе Пристани «Нефтеюганск» ОАО «Сургутский речной порт», создано самостоятельное предприятие – Нефтеюганский эксплуатационный участок Иртышского «Ордена Трудового Красного Знамени» Речного Пароходства. Значительно увеличилось количество материально-технических и кадровых ресурсов: до 8 единиц флота и 100 человек. Поставленные ранее задачи не изменились.
В 1973 году предприятие было переименовано в «Нефтеюганское районное управление».
В 1976 году предприятие стало носить название «Нефтеюганский речной порт» Иртышского «Ордена Трудового Красного Знамени» объединенного речного пароходства. В этот период предприятие начинает значительно расширяться: строятся цеха, ремонтные мастерские, причальная стенка, контейнерная площадка. Численность предприятия составляет около 300 человек.
В 1982 году «Нефтеюганский речной порт» был переведен в состав образовавшегося на тот момент ОАО «Обь-Иртышское речное пароходство».
Спустя 17 лет, руководством ОАО «Обь-Иртышское речное пароходство» было принято решение о реорганизации.
Так, в 1999 году «Нефтеюганский речной порт» снова приобретает автономность, став ОАО. После реорганизации материально-технические ресурсы составили 23 единицы флот, а численность предприятия — около 200 человек.
В 2002 году ОАО «Нефтеюганский речной порт» было реорганизовано в ООО «РПН» и осуществляет свою деятельность по настоящее время.